อย่างที่รู้กันดีว่ากาแฟสามารถปลูกได้ทั้งระบบการปลูกพืชเชิงเดี่ยว และระบบการปลูกพืชร่วม แต่การปลูกในระบบพืชเชิงเดี่ยวนั้นจะทำให้สภาพพื้นดินเสื่อมโทรมซึ่งเกิดจากการใช้สารเคมี ดังนั้นเกษตรกรจึงหันมาปลูกในระบบไม้ร่วมกันมากขึ้น ซึ่งส่วนใหญ่เกษตรกรบนพื้นที่สูงจะปลูกร่วมกับพืชผลเมืองหนาว เช่น บ๊วย ท้อ พลัม พลับ และอะโวคาโด เป็นต้น ส่วนเกษตรกรแถวด้ามขวานของไทยปลูกร่วมกับสวนยางพาราหรือสวนปาล์ม โดยการที่ปลูกกาแฟร่วมกับไม้ผลหรือไม้อื่นนั้นก็เป็นเพราะความผันผวนของราคาพืชผล การนำกาแฟเข้ามาปลูกแซมก็เป็นอีกทางเลือกหนึ่งที่ทำให้เกษตรกรมีรายได้เพิ่มขึ้น อย่างไรก็ตามการจะปลูกกาแฟร่วมกับไม้อื่นนั้นไม่ใช่ว่าจะคิดแล้วทำได้เลย ต้องเกิดจากการวางแผนในการปลูกร่วมกันเสียก่อน
การปลูกกาแฟโรบัสตาร่วมกับสวนยางพาราที่เปิดกรีดแล้ว ทำให้มีอัตราการเจริญของรากและทางลำต้นช้ากว่าปกติ เมื่อเปรียบเทียบกับระยะก่อนเปิดกรีด
ยกตัวอย่างการปลูกกาแฟแซมสวนยางพารา ด้วยสภาพแวดล้อมสวนยางที่มีข้อจำกัด จึงไม่สามารถที่อยู่ๆ จะเอามาปลูกได้เลย เช่น ยางพาราอายุ 3 ปี ต้นยางมีขนาดเล็ก ดังนั้นสภาพแสงและอุณหภูมิค่อนข้างสูง ในช่วงเวลานี้ก็จะไม่เหมาะกับการปลูกกาแฟ ควรรอให้ต้นยางถัดไปต่อจากนี้อีก 3 ปี สภาพแวดล้อมของสวนยางก็จะเริ่มมีร่มเงามากขึ้น แต่อายุของต้นยางพาราที่เหมาะสมกับการปลูกกาแฟควรมีอายุ 10 ปีขึ้นไป เพราะมีผลต่อปริมาณแสง กาแฟจะได้รับแสงที่เพียงพอต่อการเจริญเติบโต นอกจากที่จะต้องดูในเรื่องของร่มเงาแล้ว แน่นอนว่าการอาศัยอยู่ร่วมกันของพืช ถ้าเราไม่มีการจัดการดูแลที่ดี จากผลดีก็อาจจะส่งผลเสียได้โดยง่าย ดังนั้นต้องเข้าใจลักษณะของยางพาราก่อนว่า เป็นพืชที่มีรากเจริญเติบโตไว เพราะต้องหาอาหารไปผลิตน้ำยาง ซึ่งการปลูกกาแฟร่วมกับยางพาราจะมีสัดส่วนการใช้น้ำในดินมากที่สุดที่ระดับความลึก 0-30 เซนติเมตร ระบบรากยางพาราจึงปรับตัวให้มีสัดส่วนการใช้น้ำในดินมากขึ้นที่ระดับความลึก 30-80 เซนติเมตร รวมถึงอาจแย่งการใช้ธาตุอาหารในดิน เช่น การปลูกกาแฟโรบัสตาร่วมกับสวนยางพาราที่เปิดกรีดแล้ว ทำให้มีอัตราการเจริญของรากและทางลำต้นช้ากว่าปกติ เมื่อเปรียบเทียบกับระยะก่อนเปิดกรีด เนื่องจากมีรากยางพาราเจริญเติบโตอยู่อย่างหนาแน่น ซึ่งยางพาราเป็นพืชยืนต้นที่มีระบบรากแก้ว รากแขนง และมีรากฝอยหนาแน่นบริเวณผิวดินจนถึงที่ระดับความลึก 30 ซม. และสามารถแผ่กระจายจากบริเวณโค่นต้นไปยังแนวทรงพุ่มมากขึ้นตามช่วงอายุของยางพารา หากมีการเว้นระยะปลูกกาแฟห่างจากต้นยางพารามากขึ้น จะช่วยลดผลกระทบจากการแย่งธาตุอาหารระหว่างรากของยางพาราและกาแฟได้ ดังนั้นปัญหาหลักของการปลูกกาแฟใต้สวนยางพาราคือ ปริมาณแสงและระบบรากของต้นยาง เนื่องจากต้นยางแก่จะมีรากยางที่จะไปรบกวนรากกาแฟ ซึ่งส่งผลให้ไปขัดขวางการเจริญเติบโตของต้นกาแฟ เพราะรากยางหากินในระดับเดียวกับรากกาแฟ จึงไม่สามารถดูดซึมน้ำและธาตุอาหารได้ ทำให้กาแฟขาดไนโตรเจนที่เป็นธาตุอาหารหลัก โดยต้นกาแฟจะแสดงอาการใบเหลือง และขาดธาตุอาหารรองอย่างเหล็ก ทองแดง และสังกะสี
เป็นผลดีถ้าเราปลูกกาแฟร่วมกับไม้ผล เพราะทำให้ผึ้งป่า ผึ้งโพรง และผึ้งหลวง เข้ามาช่วยในการผสมเกสรของดอกกาแฟด้วย
ส่วนในด้านของการปลูกร่วมกับไม้ผลเมืองหนาวนั้นสามารถปลูกได้ ชนิดที่ใบไม่ทึบก็จะเหมาะสม อย่างบนดอยนอกจากบ๊วย ท้อ พลับ อะโวคาโดที่เขาปลูกกัน ก็จะมีแมคคาเดเมีย ในระยะเริ่มต้นสามารถปลูกแซมได้ เพราะกว่าจะให้ผลผลิตก็ 7 ปี ขึ้นไป ทำให้เก็บผลผลิตกาแฟได้ระยะหนึ่ง เพราะฉะนั้นการปลูกกาแฟร่วมกับพืชผลเมืองหนาวจะอยู่ที่การจัดการตัดแต่งทรงพุ่มของไม้ผล เพื่อที่จะให้กาแฟเราได้รับแสงอย่างเพียงพอ และเป็นผลดีถ้าเราปลูกกาแฟร่วมกับไม้ผล เพราะทำให้ผึ้งป่า ผึ้งโพรง และผึ้งหลวง เข้ามาช่วยในการผสมเกสรของดอกกาแฟด้วย นอกจากนี้บนพื้นที่สูงกาแฟยังสามารถอยู่ร่วมกับไม้ชนิดอื่นได้อีก เช่น นางพญาเสือโคร่ง ไม้ตัวนี้เหมาะที่จะปลูกกับกาแฟได้เป็นอย่างดี เพราะช่วงหน้าหนาวใบของต้นพญาเสือโคร่งจะล่วง กาแฟจึงสามารถรับแสงได้อย่างเต็มที่ ซึ่งใบจะไม่ทึบเหมือนไม้ตัวอื่นจึงเหมาะกับการเป็นร่มเงาให้กาแฟ ต้นกาแฟจะได้รับแสงที่พอเหมาะพอดีในการเจริญเติบโตช่วงฤดูหนาวที่กำลังจะเก็บเกี่ยว แต่ถ้าเป็นพวกไม้ทะโล้ และไม้ก่อจะไม่เหมาะสม เพราะมีลักษณะใบทึบและต้นสูงใหญ่ทำให้ไปบดบังแสงที่จะสาดลงมาที่ต้นกาแฟ ส่งผลให้ผลผลิตน้อยลง
การปลูกกาแฟในระบบการปลูกพืชร่วมหลักสำคัญเลยอยู่ที่การจัดการดูแลสวนของเกษตรกร ถ้าปลูกร่วมกับสวนยางพาราก็ควรปลูกในระยะห่างที่เหมาะสมเพื่อไม่ให้แย่งธาตุอาหารกัน ถ้าปลูกกับไม้ผลเกษตรกรต้องวางแผนการจัดการของทั้งไม้ผลและกาแฟร่วมกันให้ดี รวมถึงการตัดแต่งทรงพุ่มของไม้ผลไม่ให้ทึบเกินไป หากเกษตรกรมีการจัดการสวนที่ดีแล้ว การจะปลูกกาแฟร่วมกับไม้อื่นก็คงเป็นเรื่องที่ไม่ได้ยากอะไร และสามารถอยู่ร่วมกันได้ในระยะยาวแบบยั่งยืนอีกด้วย